Als der Highschool-Schüler Taiju endlich den Mut aufbringt, Yuzuriha – das Mädchen seiner Träume – seine Liebe zu gestehen, wird der Himmel von einem Licht erfüllt, das alle Lebewesen, die es erreicht, zu Stein werden lässt. Nach Tausenden von Jahren in Stein kann er sich wie durch ein Wunder befreien und sucht nach weiteren Überlebenden. Bei seiner Suche trifft er auf seinen Freund und Wissenschaftsgenie Senku, der schon früher seinem Steingefängnis entkommen konnte. Gemeinsam versuchen sie die Weltbevölkerung zu retten und untersuchen, wie es zu diesem Ereignis gekommen ist. Bei ihrem Abenteuer treffen sie natürlich nicht nur auf Freunde…
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